M2P Bioingénierie
TD Alignement de
séquences
Exercice
1 : comparaison alignement local et global
Comparaison des
séquences prot1 et prot2
>prot1
MVMEYLVLEKRLKRLREVLEKRQKDLIVFADNVKNEHNFSAIVRTCDAVGVLYLYYYHAEGKKAKINEGI
TQGSHKWVFIEKVDNPVQKLLEFKNRGFQIVATWLSKESVNFREVDYTKPTVLVVGNELQGVSPEIVEIA
DKKIVIPMYGMAQSLNVSVATGIILYEAQRQREEKGMYSRPSLSEEEIQKILKKWAYEDVIKERKRTLST
S
>prot2
MVMEYLVLEKRLKRLREVLEKRQKDLIVFADNVKNEHNFSAIVRTCDAVA
TWLSKESVNFREVDYTKPTVLVVGNELQGVSPEIVEIAVGVLYLYYYHAE
GKKAKINEGI
On utilisera la
suite "EMBOSS" sur ce site.
1. Faire un
dotplot
de ces 2 séquences (dotmatcher)
Qu'observez-vous ? Modifiez les
paramètres taille de fenêtre et threshold (l'un après l'autre) et regardez les résultats.
2. Faire un alignement global avec needle
combien y a-t-il de gaps ?
A quoi correspond le pourcentage de similarité ?
Quels sont les paramètres de calcul du score ?
Modifiez-les et regardez en quoi
l'alignement change.
3. Faire un alignement local avec matcher
Qu'observez-vous ?
Demandez à voir d'autres
alignements.
Puis modifier les
paramètres du score.
Comparez
et expliquez les différences obtenues entre une méthode
d'alignement global (needle) et une méthode d'alignement local
(matcher).
Conclusions sur les 2 séquences ?
Exercice 2 : alignement en autonomie....
Allez chercher et
comparez les séquences D16349 et M81829. Utilisez le NCBI.
Vous commencerez par comparer les séquences nucléiques puis
les séquences protéiques déduites, avec les programmes précédents de EMBOSS (DotPlot, alignement local, global)
Pour trouver les protéines codées vous pourrez utiliser ORF finder
Utilisez le programme Blast2seq pour comparer les séquences nucléiques avec Blastn et tBlastx. Quelles sont vos conclusions ?
Exercice 3 : recherche dans les banques
à partir d'une séquence